Este método fue creado por el alemán Joseph H. Pilates a comienzos del siglo XX, quien nació en Alemania en 1880. Durante su infancia sufrió asma, fiebre reumática y raquitismo, lo que le motivó a desarrollar un peculiar sistema de acondicionamiento físico y mental llamado «Contrología» que él definió como «La ciencia y el arte del desarrollo coordinado del Cuerpo-Mente-Espíritu a través de movimientos naturales bajo estricto control de la conciencia».

Más tarde, en 1940, instaló su primer estudio en New York y allí se hizo popular en el mundo de la danza de una forma casi secreta (a pesar de que Pilates inició su trabajo para la gente común y como técnica de rehabilitación y de acondicionamiento), llegando a ser este método parte del entrenamiento de bailarines y bailarinas. A demás, muchos bailarines, deportistas de elite y famosos acudían a este sistema para recuperar su forma y su fuerza y también fue pronto adoptado por fisioterapeutas y ortopedistas como un complemento muy beneficioso para la rehabilitación de pacientes.

Tras la muerte de Pilates, dado que no existía ninguna línea de sucesión o testamento, su esposa Clara heredó y perfeccionó el Estudio de New York difundiendo la técnica como Método Pilates; nombre que fue atribuido en honor a su creador.